O recibo médico é um documento emitido por um profissional médico com o intuito de comprovar que o montante negociado para a prestação dos serviços foi recebido.
Também serve para que o fisco controle os impostos que recaem sobre o valor recebido pelos médicos.
Em relação ao paciente, o recibo médico é documento que providencia o abatimento das despesas médicas em sua declaração anual de Imposto de Renda Pessoa Física.
Além disso, permite que busque o reembolso do valor da consulta junto ao plano de saúde (claro, se o plano dele assim permitir).
Já a nota fiscal é um documento que comprova a efetiva prestação dos serviços médicos. A comprovação da prestação de serviços por meio de nota fiscal, ao contrário do recibo, não necessariamente comprova a realização do pagamento pela prestação de serviços.
Médico atuando como pessoa física, sem CNPJ: emite recibo, mas dependendo da legislação da cidade, pode emitir notas fiscais (consulte a legislação local).
Médico atuando como pessoa jurídica, com CNPJ: emite nota fiscal.